Ajarova được sinh ra ở Uganda vào đầu năm 1969 (tháng 1 hoặc tháng 2). Bà học trường tiểu học và trung học địa phương và học đại học tại Đại học Makerere, trường đại học công lập lâu đời nhất và lớn nhất ở Uganda, tốt nghiệp Cử nhân Khoa học Tâm lý và Xã hội học. Bằng cấp thứ hai củabà là Thạc sĩ Quản trị Kinh doanh, lấy từ Viện Quản lý Đông và Nam Phi (ESAMI), năm 2004. Lilly cũng có bằng sau đại học về Quản lý Khách sạn và Du lịch của Học viện Quản lý và Du lịch Quốc tế tại Áo. Ngoài ra, bà còn có chứng chỉ năng lực trong Hội đồng các vấn đề, đượcTrường Đại học Khoa học Ứng dụng Oslo và Akershus cấp.[4]